Thường xuyên hỗ trợ tài chính cho các chương trình, dự án, các hoạt động bảo tồn thiên nhiên và đa dạng sinh học, phòng - chống, khắc phục ô nhiễm, suy thoái và sự cố môi trường mang tính quốc gia, liên ngành, liên vùng. 

Hoặc các dự án giải quyết các vấn đề môi trường cục bộ nhưng phạm vi ảnh hưởng không lớn dưới các hình thức như cho vay với lãi suất ưu đãi; hỗ trợ lãi suất vay vốn, bảo lãnh vay vốn cho các dự án môi trường vay vốn từ các tổ chức tín dụng; tài trợ kinh phí cho việc xây dựng, triển khai các dự án huy động nguồn vốn của Quỹ nhằm thực hiện các nhiệm vụ, hoạt động xử lý khắc phục ô nhiễm môi trường, ứng phó, khắc phục hậu quả do sự cố, thảm họa môi trường gây ra...

Trong 2 năm 2009 - 2010, số dự án môi trường đề nghị vay vốn đã tăng mạnh, qua đó số vốn giải ngân tăng 60 - 150%. Năm 2009 là 172 tỷ đồng, 2010 là 220 tỷ đồng.

Tính đến nay, Quỹ đã cho 113 dự án môi trường vay ưu đãi gần 600 tỷ đồng. Đồng thời, đã tiếp nhận ký quỹ 25 tỷ đồng cho 65 đơn vị khai thác khoáng sản tại 11 tỉnh, thành phố. Điển hình trong các dự án vay vốn ưu đãi phát huy hiệu quả là 26 cơ sở sản xuất tại làng nghề gốm sứ Bát Tràng (Hà Nội), Nhà máy Xi măng Lưu Xá (Thái Nguyên)…

Năm 2011, Quỹ Bảo vệ môi trường Việt Nam (VEPF) sẽ tiếp tục cho các dự án môi trường trong nước vay ưu đãi với lãi suất 5,4%/năm. Thời hạn vay tối đa, thời hạn vay lên tới 10 năm.

Trong chiến lược phát triển đến năm 2020, VEPF phấn đấu trở thành một ngân hàng môi trường vì một nền kinh tế tăng trưởng xanh. Thời gian tới, VEPF sẽ tiếp tục duy trì cho vay ưu đãi, đẩy mạnh tài trợ và hỗ trợ lãi suất.

Tất cả các tổ chức, cá nhân có chương trình, dự án hoặc phương án bảo vệ môi trường đều được hỗ trợ tài chính. Trong đó, ưu tiên các dự án nằm trong danh mục thuộc kế hoạch xử lý triệt để các cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng theo Quyết định 64/2003/QÐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.

Doanh nghiệp được cấp vốn vay sẽ phải hội tụ một số điều kiện như: đầu tư mới dây chuyền hoặc thay thế; ít nhất phải cải thiện được 30% thông số môi trường; quy mô công ty có vốn điều lệ dưới năm triệu USD và đối tác Việt Nam chiếm 51%, v.v.

Trong tình hình kinh tế khó khăn, các doanh nghiệp có xu thế dồn vốn để đảm bảo sản xuất kinh doanh thì đây là địa chỉ tốt giúp chính các doanh nghiệp nguồn lực trong việc đầu tư bảo vệ môi trường.