Đối với thuế thu nhập DN, trong hoạt động của Quỹ, nếu có phát sinh thu nhập mà thu nhập này được để lại bổ sung nguồn vốn hoạt động của Quỹ thì vẫn được miễn thuế thu nhập DN. Trường hợp khoản thu nhập nhận được không dùng để bổ sung nguồn vốn hoạt động của Quỹ thì phải nộp thuế thu nhập DN theo quy định của Luật thuế thu nhập DN và các văn bản hướng dẫn.

Cụ thể, thu nhập chịu thuế bằng doanh thu trừ các khoản chi được trừ, cộng thu nhập khác. Doanh thu là toàn bộ nguồn thu của Quỹ quy định tại Điều 18 Quy chế mẫu về quản lý, sử dụng Quỹ Phát triển đất. Các khoản chi được trừ là các khoản chi theo quy định tại Điều 19 Quy chế mẫu về quản lý, sử dụng Quỹ Phát triển đất, phù hợp với quy định của Luật Thuế thu nhập DN và các văn bản hướng dẫn. Thu nhập tính thuế trong kỳ tính thuế được xác định bằng thu nhập chịu thuế trừ thu nhập để lại bổ sung nguồn vốn hoạt động của Quỹ. Quỹ Phát triển đất nộp thuế thu nhập DN theo mức thuế suất 25% đối với thu nhập tính thuế nêu trên.

Đối với thuế GTGT, các dịch vụ tín dụng do Quỹ Phát triển đất cung cấp theo quy định tại khoản 1 Điều 34 Nghị định 69/2009 và Điều 11 Quy chế mẫu về quản lý, sử dụng Quỹ Phát triển đất thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng.

Trường hợp Quỹ có mua sắm, nhập khẩu hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho hoạt động của Quỹ hoặc cung ứng các dịch vụ không được quy định tại khoản 1 Điều 34 Nghị định 69/2009 và Điều 11 Quy chế mẫu về quản lý, sử dụng Quỹ Phát triển đất thì thực hiện nộp thuế GTGT theo quy định hiện hành.

Các loại thuế môn bài, thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, các loại thuế gián thu khác và các loại phí, lệ phí thực hiện theo quy định của pháp luật hiện hành.

Được biết, Nghị định 69/2009/NĐ - CP của Chính phủ có hiệu lực từ 2009 đã quy định: Quỹ phát triển đất là tổ chức tài chính Nhà nước hoạt động theo nguyên tắc bảo toàn vốn, bù đắp chi phí phát sinh trong quá trình hoạt động và không vì mục đích lợi nhuận có tư cách pháp nhân, hạch toán độc lập kèm con dấu và bảng cân đối kế toán riêng, được mở tài khoản tại kho bạc nhà nước và các tổ chức tín dụng khác theo quy định của pháp luật. UBND cấp tỉnh được trích tối đa 50% nguồn thu từ tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, tiền đấu giá đất để lập quỹ.

Theo đó, từ 1/10/2009, Chính phủ cho phép các địa phương cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương được lập Quỹ Phát triển đất nhằm tạo quỹ đất sạch để đấu giá quyền sử dụng đất, từ đó góp phần tăng nguồn thu cho ngân sách nhà nước.

Nguồn vốn của quỹ này là khoản trích từ 30 - 50% từ nguồn thu hàng năm từ đất đai và được dùng vào các mục đích như: ứng vốn cho tổ chức phát triển quỹ đất; ứng vốn tạo quỹ đất, quỹ nhà tái định cư; ứng vốn cho công tác thu hồi đất, giải phóng mặt bằng, bồi thường, hỗ trợ đào tạo nghề, hỗ trợ xây khu tái định cư... Bên cạnh đó, Quỹ cũng có chức năng quản lý những diện tích đất đã được giải phóng mặt bằng, thu hồi, đất chuyển nhượng nhưng chưa có dự án đầu tư hoặc chưa đấu giá quyền sử dụng đất. Các tổ chức cá nhân có nhu cầu tìm hiểu về giá đất và quỹ đất ở địa phương có thể thông qua Quỹ để nắm bắt thông tin.

Đại diện Tổng cục Quản lý đất đai cho biết, cơ quan này đã trình Thủ tướng phê duyệt cơ chế hoạt động, chỉ tiêu trích từ nguồn thu ngân sách Nhà nước để đầu tư cho Quỹ Phát triển đất và dự thảo của Bộ Tài chính chính là cách để Nhà nước hỗ trợ các địa phương trong việc phát triển quỹ đất sạch.