Nội dung cơ bản trong Quy chế phối hợp giữa 2 đơn vị tập trung trên các lĩnh vực: xây dựng văn bản quy phạm pháp luật về bảo vệ môi trường (BVMT), đặc biệt là các văn bản về xử lý vi phạm pháp luật về BVMT; tiếp nhận, xử lý thông tin tố giác tội phạm và vi phạm pháp luật về BVMT; công khai thông tin vi phạm pháp luật về BVMT; đào tạo, tập huấn, bồi dưỡng cán bộ chuyên môn và hợp tác quốc tế về môi trường; phối hợp trong quản lý Nhà nước về BVMT.

Quy chế nêu rõ, hàng năm hai cơ quan sẽ tổ chức họp bàn phối hợp xây dựng kế hoạch, thanh tra, kiểm tra việc thực hiện pháp luật về BVMT trên phạm vi cả nước, phù hợp với chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của từng cơ quan; bảo đảm không có sự chồng chéo về các đối tượng được thanh, kiểm tra.

Ngoài ra, trong quá trình thanh, kiểm tra việc thự hiện pháp luật về BVMT, nếu phát hiện hành vi vi phạm có dấu hiệu của tội phạm môi trường, Tổng cục Môi trường sẽ chuyển hồ sơ cho C49 để điều tra xử lý theo thẩm quyền. Đồng thời, cử cán bộ có chuyên môn phù hợp tham gia khi có yêu cầu. Kết thúc quá trình điều tra vụ việc, C49 có trách nhiệm thông báo kết quả xử lý cho Tổng cục Môi trường.

Việc ký kết Quy chế phối hợp sẽ góp phần nâng cao hiệu quả công tác phòng, chống tội phạm vi phạm luật về bảo vệ môi trường và hoạt động quản lý Nhà nước về BVMT, giảm phiền hà trong hoạt động của các cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ.