​Bên cạnh đó, công tác thanh tra, kiểm tra còn là cơ hội tốt để giúp các cơ sở tiếp tục hoàn thiện các loại hồ sơ, thủ tục và thực hiện đúng các quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường; xử lý dứt điểm các điểm nóng về môi trường và khắc phục ô nhiễm tại các địa phương.
 
Công tác kiểm tra, thanh tra việc chấp hành các quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường tiếp tục được đẩy mạnh. Năm 2011, Tổng cục đã thực hiện 05 cuộc thanh tra, kiểm tra trên địa bàn 32 tỉnh/thành phố trực thuộc Trung ương với 375 cơ sở và KCN; kiểm tra trách nhiệm quản lý nhà nước của 32 Ủy ban nhân dân tỉnh/thành phố trực thuộc trung ương, qua đó đã lập biên bản 154/375 cơ sở vi phạm, xử phạt tổng số tiền 22.489.750.000 đồng; phối hợp với các Bộ, ngành kiểm tra liên ngành 66 cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng cần phải xử lý triệt theo Quyết định số 64/2003/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, đã lập biên bản xử phạt 35/65 cơ sở vi phạm với tổng số tiền hơn 6.000.000.000 đồng; đồng thời đã cử cán bộ tham gia 03 đoàn phối hợp với Thanh tra Bộ thực hiện nhiệm vụ "Thanh tra việc thực hiện pháp luật bảo vệ môi trường, đất đai, tài nguyên nước và khí tượng thủy văn đối với các dự án, nhà máy thủy điện vừa và nhỏ”.
 
Bên cạnh đó, Tổng cục còn chủ động tham mưu lãnh đạo Bộ theo dõi, nắm bắt tình hình vi phạm và xử lý các vụ việc vi phạm pháp luật về môi trường nổi cộm thời gian qua như: vụ việc Công ty Sonadezi Long Thành (Đồng Nai), Công ty Long Tech (Bắc Ninh), Công ty URENCO (Hà Nội); đặc biệt giải quyết kiến nghị của Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Bình Thuận và chỉ đạo của Lãnh đạo Bộ về việc thanh tra, kiểm tra công tác bảo vệ môi trường của Công ty TNHH Tùng Lâm và cơ sở chế biến tinh bột mỳ Phan Thành Tâm tại tỉnh Đồng Nai; phối hợp với các địa phương kiểm tra đột xuất các vụ việc nảy sinh như: kiểm tra, giải quyết 02 vụ việc về môi trường tại các tỉnh Đồng Nai và Bà Rịa - Vũng Tàu; kiểm tra việc thực hiện xử lý nix thải tại Công ty TNHH Nhà máy tàu biển Hyundai Vinashin, tỉnh Khánh Hòa; kiểm tra, giám sát về bảo vệ môi trường tại khu vực Hồ Ba Bể và việc khắc phục tình trạng ô nhiễm tại xã Thạch Sơn (Lâm Thao - Phú Thọ); kiểm tra, xử lý vụ việc vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường của Công ty TNHH Tân Phát Tài, tỉnh Đồng Nai.
 
Kết quả thanh tra môi trường đã góp phần phát hiện những bất cập về cơ chế, chính sách, pháp luật về bảo vệ môi trường trong quá trình hoạt động để kiến nghị cấp có thẩm quyền sửa đổi, bổ sung hoặc ban hành, từng bước đưa công tác bảo vệ môi trường đi vào nề nếp, góp phần không nhỏ đến sự phát triển bền vững của đất nước.