Tại hội thảo, hầu hết các đại biểu đều thống nhất: việc dự kiến xây dựng khung cấu trúc của Báo cáo số lượng 13 chương là phù hợp với mô hình chung của một Báo cáo tổng quan. Lời mở đầu nêu được quan điểm của Chính phủ Việt Nam, Bộ Tài nguyên và Môi trường về lĩnh vực bảo vệ môi trường đồng thời giới thiệu các đơn vị, cá nhân tham gia trong quá trình xây dựng và nhấn mạnh sự cần thiết và ý nghĩa của báo cáo môi trường quốc gia tổng thể.

Các chương tiếp theo cũng đã nêu bật được tổng quan về điều kiện tự nhiên của Việt Nam, tác động tới môi trường, quy hoạch sử dụng đất của các địa phương chưa hợp lý dẫn đến làm thay đổi và phá hủy các hệ sinh thái, gây ô nhiễm môi trường. Dựa vào việc đánh giá những việc đã làm được, những tồn tại và thách thức trong công tác bảo vệ môi trường, chương cuối cùng đã đưa ra các chính sách và giải pháp bảo vệ môi trường theo các vấn đề cụ thể và tổng thể từ đó xác định vấn đề cần tập trung ưu tiên hơn trong công tác quản lý và bảo vệ môi trường.

Trong hội thảo, các chuyên gia còn nêu rõ: cần phải xây dựng một báo cáo tóm tắt, ngắn gọn, rõ ràng dành cho cộng đồng. Các số liệu dùng trong Báo cáo tổng quan nên lấy từ mốc thời gian từ năm 2006 để tránh trùng lắp với số liệu Báo cáo năm 2000 - 2005. Một số từ ngữ ở một số chương nên thay đổi như: từ "dự báo" thay bằng từ "xu thế hoặc diễn biến". Ngoài ra, ở chương 8, nhóm biên soạn đưa ra các vấn đề nổi cộm đó là làng nghề, khu công nghiệp, thủy điện và đề nghị bổ sung thêm vấn đề quản lý chất thải rắn và biến đổi khí hậu. Bởi hai vấn đề đang được Chính phủ trong nước và quốc tế đang quan tâm.