Theo đó, mục tiêu cụ thể của Chương trình nhằm xác lập cơ sở và cung cấp luận cứ khoa học phục vụ hoạch định và hoàn thiện cơ chế, chính sách, pháp luật về phát triển và quản trị bền vững kinh tế biển, góp phần bảo vệ các quyền và lợi ích của Việt Nam trên Biển Đông; cung cấp cơ sở khoa học và thực tiễn để khai thác, bảo vệ, sử dụng hiệu quả tiềm năng, lợi thế của biển, tạo động lực thúc đẩy đổi mới sáng tạo và phát triển bền vững kinh tế biển trên nền tẳng tăng trưởng xanh, bảo tồn đa dạng sinh học biển, các hệ sinh thái biển, đảm bảo hài hòa giữa bảo tồn và phát triển, giải nhẹ thiên tai, thích ứng với biến đổi khí hậu, duy trì nguồn vốn tự nhiên biển; phát triển bền vững chuỗi giá trị kinh tế biển; nâng cao năng lực quản trị biển, góp phần bảo vệ các quyền và lợi ích của Việt Nam trên biển Đông và các mục tiêu cụ thể khác.

Chương trình này cũng xác định 8 nội dung nghiên cứu chính và điển hình như phát triển công nghệ quản trị biển, phát triển bền vững kinh tế biển hướng tới nền kinh tế xanh, tuần hoàn; mô hình phát triển bền vững biển đảo có tính đặc thù cho từng khu vực trong vùng biển Việt Nam; công nghệ trong dự báo, cảnh báo giảm nhẹ thiên tai trên biển; giải pháp ngăn ngừa, kiểm soát và xử lý ô nhiễm môi trường biển; công nghệ số trong xây dựng, quản lý, khai thác dữ liệu biển phục vụ phát triển bền vững kinh tế biển…

Dự kiến, sản phẩm của Chương trình gồm: Dữ liệu về cơ sở khoa học, thực tiễn phục vụ quản lý, phát triển kinh tế biển; luận cứ khoa học cho các khuyến nghị về thể chế, chính sách trong quản trị biển phục vụ phát triển bền vững kinh tế biển Việt Nam; các giải pháp, mô hình khoa học và công nghệ phục vụ phát triển bền vững kinh tế biển và sách chuyên khảo, bài báo khoa học và báo cáo Hội nghị khoa học.