Hệ thống này còn bao gồm mô hình chuyển hóa, vận chuyển vật chất và các hợp phần vật lý, hóa học và sinh học trong môi trường biển.

Những kết quả phát triển, thử nghiệm và ứng dụng của hệ thống này đã góp phần đưa ra những chế độ môi trường Biển Đông như dòng chảy biển, nhiệt độ nước biển có thể sử dụng để giải quyết các vấn đề bồi xói bờ biển, tìm kiếm cứu nạn trên biển, xác định ngư trường đánh bắt xa bờ, mô phỏng sự cố ô nhiễm dầu trên biển…đưa ra các bản đồ dòng chảy mặt biển đặc trưng cho hai mùa, đây là sản phẩm kết hợp phân tích số liệu và ứng dụng mô hình MDEC.

Những kết quả phát triển và ứng dụng dụng hệ thống mô hình MDEC cũng đã được triển khai ở các vùng biển có quy mô khác nhau từ vịnh Bắc Bộ, thềm lục địa đông Nam Bộ đến vịnh Hạ Long, cửa sông cảng Hải Phòng.