Chương trình môi trường của MRC giai đoạn 2011-2015 có mục tiêu là “Quản lý và phát triển lưu vực ở vùng hạ lưu sông Mê kông dựa trên kiến thức về môi trường và xã hội cập nhật và cơ chế hợp tác quản lý môi trường hiệu quả”. Mục tiêu này trực tiếp đóng góp vào việc hoàn thành Mục tiêu của Kế hoạch Chiến lược MRC giai đoạn 2011-2015 thông qua việc kết hợp sử dụng thông tin giám sát, cơ chế hợp tác, tăng cường năng lực và nâng cao nhận thức.

Chiến lược thực hiện của chương trình bao gồm tam giác đối tác, tức là cấp quốc gia, MRC và các tổ chức khu vực khác.

Đại sứ John Nielsen cho biết:“Phần lớn trong số 65 triệu người sống ở khu vực hạ lưu sông Mê kông sống chủ yếu bằng nông nghiệp và thuỷ sản quy mô nhỏ và hoàn toàn phụ thuộc vào con sông này để duy trì sinh kế. Uỷ hội sông Mê Kông đóng một vai trò quan trọng trong việc bảo vệ sự phát triển bền vững của con sông.Thông qua việc cam kết với các chương trình MRC, Đan Mạch khẳng định sự cam kết của mình đối với hàng triệu người dân nghèo sống dựa vào nguồn tài nguyên thiên nhiên trên lưu vực của con sông này.”

Đan Mạch hiện là nhà tài trợ lớn nhất cho MRC. Chỉ tính riêng trong năm 2010, Đan Mạch đã tài trợ tổng số 6,5 triệu USD cho MRC, bao gồm tài trợ 4,6 triệu USD cho chương trình thủy sản của MRC giai đoạn 2011-2015 và 1,9 triệu USD cho chương trình môi trường này của MRC. Đan Mạch cũng đang trong quá trình phê duyệt một khoản tài trợ gần 8 triệu USD cho Chương trình Phát triển Lưu vực sông của MRC giai đoạn 2011-2015.